Ca a l'air d'être un peu pas très propre ton installation.
Alors, en théorie ça marche comme ça:
Dans le dossier Application Support tu ne dois avoir que des dossiers correspondants aux mods et à pb qui se créent tout seuls. Tu ne dois pas avoir d'application ni de fichier .pk3 dans ces dossier. Ils ne doivent contenir que les configurations de chacun de tes mods (q3config.cfg plus toutes les configurations que tu voudrais ajouter manuellement).
Dans le dossier Applications/Quake3 par contre tu dois avoir tous tes fichiers de jeu, applications et tous les .pk3.
Ce que je te propose c'est de refaire une installation propre.
Si tu souhaites garder tes fichiers de configuration pour chacun des mods tu vas récupérer les fichiers correspondants dans le dossier Application Support puis tu les mets de coté. Ensuite tu supprimes tous le dossier Quake3 contenu dans Application Support.
Tu vas dans ton dossier ~/Bibliothèque/Préferences et tu supprimes le fichier "com.idsoftware.Quake3.plist".
Pour ton dossier Quake3 dans Application tu vérifies bien que tu aies les fichiers .pk3 dans chacun de tes dossiers (surtout baseq3 qui doit contenir au moins les fichiers pak0.pk3 à pak8.pk3. Le dossier q3ut4 doit lui contenir un fichier "zpak000.pk3" au minimum et si tu veux que q3ut3 fonctionne tu dois avoir les fichiers zQ3UT31.pk3 à ZQ3UT37.pk3 dans son dossier.
Une fois que tout ça est fait tu vas lancer le package Punkbuster.pkg que tu as également dans ton répertoire Application/Quake3. Il va te créer un répertoire pb dans Application Support/Quake3/. Tu vas ensuite sur
cette page et tu télécharges l'application pbsetup.tgz qui va se décompresser en pbsetup.run. Tu mets cette application dans ton dossier Application Support/Quake3/pb/ et tu la lances. Elle devrait te poser plein de question et tu réponds toujours par l'affirmatif. Tu vas ensuite dans File -> AddGame, tu sélectionnes le répertoire Quake3 (celui dans Application Support), tu valides et tu fais File -> Check for Updates. Il va se mettre à jour et tu es normalement prêt à jouer.
Tu lances Quake3 et si il te demande de lui indiquer son répertoire de jeu il faut indiquer Applications/Quake3. Tu peux ensuite lancer les mods que tu veux puis quitter le jeu et remettre tes configurations dans les dossiers qui se seront recrées dans Application Support.
Voilà, je pense avoir fait le tour.